Pierwszym Dowódcą AK został mianowany generał Stefan Rowecki „Grot” – przedwojenny oficer, żołnierz I Brygady Legionów Polskich, uczestnik walk z bolszewikami, od pierwszych chwil po kapitulacji wrześniowej uczestnik konspiracji. Doprowadził do połączenia w jedną armię głównych polskich odłamów konspiracyjnych. Został aresztowany 30 czerwca 1943 roku w lokalu konspiracyjnym na warszawskiej Ochocie. Prawdopodobnie został zamordowany tuż po wybuchu Powstania Warszawskiego, po tym jak odrzucił niemiecką propozycję współpracy z okupantem.

Do celów Armii Krajowej należały różne formy oporu zbrojnego a także przygotowanie do ogólnokrajowego powstania przeciwko okupantom. W celu koordynacji działań dywersyjnych powołano Kierownictwo Dywersji (Kedyw) Komendy Głównej AK, pod dowództwem płk ps. „Nil”.

Wiosną 1944 roku, siły Armii Krajowej liczyły około 380 tysięcy żołnierzy i oficerów - była to największa liczba członków tej organizacji. Zajmowanie terenów Polski przez Armię Czerwoną w 1944 roku uruchomiło akcję „Burza”, polegającą na atakowaniu wycofujących się Niemców i występowaniu wobec Sowietów w roli gospodarza. Ostatnim akcentem „Burzy” było .

Aria Krajowa została formalnie rozwiązana na początku roku 1945, jednakże część żołnierzy i oficerów nie podporządkowała się rozkazowi demobilizacji ostatniego dowódcy AK generała Okulickiego „Niedźwiadka” i prowadziła zbrojną walkę ze zdobywającymi władzę w Polsce komunistami. Nazwa Armia Krajowa łączyła walczących o pełną niepodległość Polski.

Dowódcy, ale także zwykli żołnierze Armii Krajowej za czasów PRL byli na różne sposoby prześladowani. Szacuje się, że po wojnie komuniści zamordowali nawet 100 tysięcy "akowców", czyli ponad jedną czwartą członków Armii.